Eröffnet wurde das Gebäude am 7. Mai 1929 nach dreijähriger Planungszeit als Tagungs- und Begegnungszentrum für internationale Wissenschaftler – und als Zeichen des guten Willens. Schließlich hatte sich Deutschland durch den 1. Weltkrieg ins diplomatische Abseits befördert und gerade in der Weimarer Republik wurde auch der Bereich der Wissenschaften genutzt, um Zeichen von Gastfreundschaft und Völkerverständigung auszusenden. Der Neubau der Kaiser-Wilhelm-Gesellschaft wurde deshalb nicht nur von Reichsaußenminister Gustav Stresemann, sondern auch von zahlreichen Privatinvestoren unterstützt. Deren Rückhalt war auch dringend vonnöten, denn das Reich selbst konnte aufgrund seiner schwierigen wirtschaftlichen Lage lediglich 1,5 Millionen Euro beisteuern.
In den kommenden Jahren erlebte der Bau, der dem 1930 verstorbenen Theologen und Wissenschaftsförderer Adolf von Harack gewidmet worden war, eine echte Blütezeit. Viele namenhafte Forscher, darunter auch Albert Einstein, hielten hier Vorträge, das Haus wurde zu einem wissenschaftlichen aber auch kulturellen Zentrum. Wie so viele aufstrebende Geschichten endete auch diese mit der Machtergreifung der Nationalsozialisten. Sie sorgten, nicht zuletzt durch die Vertreibung und Ermordung vieler jüdischer Wissenschaftler, dafür, dass sich der Forschungsstandort Deutschland nicht weiter entwickeln konnte. Und sie verwandelten das Harnack-Haus 1935 in den Sitz des frisch gegründeten Reichsfilmarchivs. Zur Eröffnung waren auch Adolf Hitler und Joseph Goebbels anwesend.
Kasino für amerikanische Offiziere
Auch nach dem 2. Weltkrieg dauerte es noch etliche Jahre, bis die Forschung an den Dahlemer Standort zurückkehrte. Zunächst brachten die amerikanischen Besatzer hier einen Offiziersclub mit Kasino unter. Für kulturelle Belebung sorgte die 1947 gegründete Dahlemer Musikgesellschaft. Zu den Gästen gehörten in den kommenden Jahrzehnten unter anderem Harry S. Truman und Dwight D. Eisenhower. Eine weitere markante Wegmarke in der Geschichte des Harnack-Hauses war ein missglückter Terroranschlag der „Bewegung 2. Juni“, zu der auch Brigitte Mohnhaupt gehörte. Im April 1972 wurde ein Sprengsatz an einem Kellerfenster montiert – doch die Zündung schlug fehl.
Im Jahr 2000, sechs Jahre nach dem Abzug der US-Marines, entschloss sich die Max-Planck-Gesellschaft, das Gebäude in der Ihnestraße wieder seiner ursprünglichen Funktion zuzuführen. Heute gibt es dort wieder viel Raum für Tagungen, Gästezimmer für weit gereiste Wissenschaftler sowie ein Restaurant in historischem Ambiente. Seit Sommer 2012 finden im gesamten Gebäude umfangreiche Restaurierungs- und Modernisierungsmaßnahmen statt. Ziel ist es, hier langfristig wieder ein Forum für wissenschaftlichen und gesellschaftlichen Dialog zu schaffen.