Als der Architekt Johann Hoeniger die Synagoge Rykestraße zwischen 1903 und 1904 im neo-romanischen Stil entwarf, war die Gegend rings um den heutigen Kollwitzplatz in Prenzlauer Berg noch kein Zentrum jüdischen Lebens. Ihre Errichtung wurde notwendig, da es um die Jahrhundertwende zu einem starken Zuzug osteuropäischer Juden in den Nordwesten Berlins kam und die Neue Synagoge in der Oranienburger Straße keine weiteren Gemeindemitglieder mehr aufnehmen konnte. Anlässlich der hohen Feiertage des jüdischen Kalenderjahres 5665 wurde das vollendete Gotteshaus nach einer Bauzeit von nur zehn Monaten im September 1904 eingeweiht. Bis 1926 integrierte die jüdische Gemeinde außerdem die VI. Religionsschule, die III. Private Volksschule sowie eine Grundschule in das Gebäude. Unterrichtet wurden die Schüler unter anderem von der Leichtathletin und Weltrekordhalterin Lilli Henoch, die 1942 in der Nähe des Rigaer Ghettos von den Nationalsozialisten ermordet wurde.
Nationalsozialismus und Kommunismus
Dass die Synagoge Rykestraße heute die einzige Berliner Synagoge ist, die während der Reichskristallnacht 1938 kaum zerstört wurde, verdankt sie ihrer geschützten innerstädtischen Wohnlage, eingefasst von anderen Häuserzeilen. Die Nationalsozialisten schändeten ‚lediglich‘ die Innenräume, da sie befürchteten, dass sich ein Feuer auf umliegende Gebäude ausbreiten könnte. Bis 1940 wurden in den Gebetsräumen sogar noch Gottesdienste abgehalten, danach missbrauchte die Wehrmacht sie als Lager und Pferdeställe. Auch die Bombenhagel des Zweiten Weltkriegs überstand das Gotteshaus nahezu unbeschadet.
Nach dem Krieg wurde die Synagoge Rykestraße von dem Rabbiner Martin Riesenburger wiedereröffnet, der sie bis zu seinem Tod im Jahr 1966 leitete. Während der deutschen Teilung war sie die einzige Synagoge Ost-Berlins und somit Zentrum des jüdischen Lebens in der DDR. Ende der 80er Jahre zählte die Gemeinde jedoch kaum noch 200 Mitglieder.
Nach der Wende
Seit 1999 ist die amerikanische „Ronald S. Lauder Foundation“ in der Synagoge Rykestraße ansässig, eine Stiftung, die es sich zum Ziel gesetzt hat, jüdische Identität in verschiedenen Ländern der Welt zu stärken. Da der Großteil der Gläubigen heute aus der ehemaligen Sowjetunion stammt, richtet sich das Angebot vornehmlich an junge russischsprachige Juden.
Am 12. September 2004 feierte die jüdische Gemeinde Berlin das 100-jährige Bestehen der Synagoge. Zu den Gästen der Festlichkeiten zählten unter anderem der ehemalige Bundespräsident Horst Köhler, der israelische Botschafter Schimon Stein sowie Berlins regierender Bürgermeister Klaus Wowereit. Im Jahr 2007 wurde das Gebäude umfangreich saniert und im August des gleichen Jahres wiedereröffnet.